Във въздуха, на сушата и във водата
За разлика от буйната флора, фауната на Мадейра е доста незабележима. В природата на островите почти не е имало сухоземни бозайници, с изключение на прилепите. Хората доведоха тук домашни любимци и зайци. Последните са популярни дивечови животни.
Във водите на острова живеят различни видове китове, които са станали рядкост и тюлени монаси, които сега са под строга закрила. При последното преброяване на островите Desertas са останали 16 животни.
Птичият живот е по-многоброен: тук гнездят около 40 вида птици, много повече посещават островите редовно. Планинският мишелов е една от най-разпространените грабливи птици. За съжаление, ендемичният горски гълъб от Мадейра е силно унищожен от лов.
Много често все още можете да видите мадейранския огнен гребен, който живее главно в района на лавровите гори и в храсталаците на дървесната храсталака. Роднина на популярното ни канарче е канарчето, което живее в по-топлите райони край брега. Морските птици също са като у дома си тук, като хирургът от Мадейра и буревестника на Черния Булуер.
За туристите със сигурност е успокояващо да знаят, че няма змии. Тук живеят само малки гущери като стенния гущер от Мадейра и стенния гекон.
На Мадейра живеят около 2.600 различни вида насекоми, много от които са ендемични. Особеност е монархът, който привлича вниманието със своя оранжево-кафеникав цвят и размах на крилете до 14 см.
Във водите около Мадейра живеят много видове риби. В залите на рибния пазар можете да се насладите на около 100 ядливи разновидности. Те включват риба тон и дълбоководни риби като черната риба ножница, която живее на дълбочина от около 600 до 1.400 m.