Ve vzduchu, na souši i ve vodě
Na rozdíl od bujné flóry je madeirská fauna docela nenápadná. Na ostrovech se přirozeně nevyskytovali téměř žádní suchozemští savci, s výjimkou netopýrů. Lidé sem přinesli domácí zvířata i králíky. Poslední jmenovaní jsou oblíbenými druhy zvěře.
Ve vodách ostrova žijí různé druhy velryb, které se staly vzácnými, a tuleni mniši, kteří jsou nyní pod přísnou ochranou přírody. Při posledním sčítání zbylo na ostrovech Desertas 16 zvířat.
Ptačí svět je početnější: množí se zde kolem 40 druhů ptáků a mnoho dalších ostrovy pravidelně navštěvuje. Káně lesní, která žije v horách, je jedním z nejčastějších dravých ptáků. Endemický madeirský holub byl bohužel lovem silně zdecimován.
Velmi často můžete stále vidět madeirského letního zlatého kohouta, který žije hlavně v oblasti vavřínových lesů a v křovinách vřesu stromového. Příbuzným našeho oblíbeného kanára je kanárská dívčí sedačka, která žije v teplejších oblastech poblíž pobřeží. Mořští ptáci jsou zde také doma: například běžec na Madeiře a buřňák černý.
Pro turisty je jistě uklidňující vědět, že zde nejsou žádné fronty. Žijí zde jen malí ještěři, jako je ještěrka zeď na Madeiře a gekon.
Na Madeiře žije asi 2.600 různých druhů hmyzu, z nichž mnohé jsou endemické. Zvláštností je panovník, který vyniká oranžovohnědou barvou a rozpětím křídel až 14 cm.
Ve vodách kolem Madeiry žije mnoho druhů ryb. V sálech rybího trhu můžete obdivovat kolem 100 jedlých odrůd. Patří sem tuňák a hlubinné ryby, například pochva černá, která žije v hloubce přibližně 600 až 1.400 m.