U zraku, na kopnu i u vodi
Za razliku od bujne flore, fauna Madeire prilično je neugledna. Na otocima gotovo da nije bilo kopnenih sisavaca, osim šišmiša. Kućni ljubimci i kunići došli su ovdje zahvaljujući ljudima. Potonji su popularna lovna divljač.
U akvatoriju otoka žive razne vrste kitova, koje su postale rijetke, i medvjedice, koje su danas pod strogom zaštitom. Prema posljednjem prebrojavanju, na otočju Desertas bilo je još 16 životinja.
Ptičji svijet je brojniji: ovdje se gnijezdi oko 40 vrsta ptica, a mnoge druge redovito posjećuju otoke. Planinski mišar jedna je od najčešćih ptica grabljivica. Endemski golub s Madeire je nažalost desetkovan lovom.
Još uvijek se vrlo često može vidjeti Madeiranski zlatnik, koji živi uglavnom u području lovorovih šuma i u grmlju vrijeska. Srodnik našeg popularnog kanarinca je kanarinac koji živi u toplijim krajevima blizu obale. Ovdje su kod kuće i morske ptice: na primjer Madeiranska šljunka i crna Bulwerova burnica.
Za planinare je svakako umirujuća činjenica da nema zmija. Ovdje žive samo mali gušteri poput Madeiranskog zidnog guštera i zidnog macaklina.
Na Madeiri živi oko 2.600 različitih vrsta insekata, od kojih su mnoge endemske. Posebnost je monarh koji se ističe svojom narančasto-smeđom bojom i rasponom krila do 14 cm.
Mnoge vrste riba žive u vodama oko Madeire. U halama ribarnica možete se diviti oko 100 jestivih sorti. To uključuje tunu i dubokomorske ribe, kao što je crni škar, koji živi na dubini od oko 600 do 1.400 m.
