W powietrzu, na lądzie i w wodzie
W przeciwieństwie do bujnej flory, fauna Madery jest dość niepozorna. Na wyspach nie było prawie żadnych ssaków lądowych, z wyjątkiem nietoperzy. Ludzie przywozili tu zarówno zwierzęta domowe, jak i króliki. Te ostatnie są popularnymi gatunkami gier.
W wodach wyspy żyją różne gatunki wielorybów, które stały się rzadkie i mniszki, które są obecnie objęte ścisłą ochroną przyrody. Według ostatnich obliczeń na Wyspach Desertas pozostało 16 zwierząt.
Świat ptaków jest liczniejszy: gnieździ się tu około 40 gatunków ptaków, a wiele innych regularnie odwiedza wyspy. Żyjący w górach myszołów to jeden z najpospolitszych ptaków drapieżnych. Endemiczny gołąb Madeira został niestety poważnie zdziesiątkowany przez polowania.
Bardzo często można jeszcze spotkać letniego kogucika z Madery, który zamieszkuje głównie tereny lasów wawrzynowych i zarośla wrzosów. Krewnym naszego popularnego kanarka jest kanarek, który mieszka w cieplejszych rejonach wybrzeża. Ptaki morskie również są tutaj w domu: na przykład falowód Madeira i czarny petrel Bulwer.
Dla wędrowców z pewnością uspokaja fakt, że nie ma kolejek. Żyją tu tylko małe jaszczurki, takie jak jaszczurka Madeira i gekon ścienny.
Madera jest domem dla około 2.600 różnych gatunków owadów, z których wiele jest endemicznych. Cechą szczególną jest monarcha, który wyróżnia się pomarańczowo-brązowym kolorem i rozpiętością skrzydeł dochodzącą do 14 cm.
W wodach wokół Madery żyje wiele gatunków ryb. W halach targu rybnego można podziwiać około 100 odmian jadalnych. Należą do nich tuńczyk i ryby głębinowe, takie jak pałasz czarny, który żyje na głębokości od ok. 600 do 1.400 m.